En los últimos meses, un escándalo de alcance nacional reveló que más de 25.000 funcionarios públicos viajaron al extranjero mientras estaban de licencia médica, lo que desató críticas y aceleró la aprobación de duras reformas. Ante este contexto, el Congreso aprobó la Ley N°21.746 para reforzar la transparencia, la sostenibilidad del sistema y la protección tanto de trabajadores como de empleadores.
Para las empresas, estos cambios no solo modifican los plazos de pago de subsidios, sino que exigen ajustes en sus políticas de RR.HH., sistemas de nómina y controles internos. A lo largo de este artículo, desglosaremos las principales transformaciones, sus implicancias prácticas y ofreceremos recomendaciones para que su organización esté lista al momento de la entrada en vigencia.
Cambios principales
Período de carencia uniforme
La reforma unifica el período de carencia en dos días para todas las licencias médicas, eliminando diferencias entre trabajadores públicos y privados. Antes existía exención de carencia en licencias de más de 11 días; ahora, las empresas deberán asumir el subsidio desde el tercer día de ausencia.
Licencia Médica Electrónica (LME) obligatoria
A partir de la entrada en vigencia, la LME será el único formato estándar aceptado, quedando el papel restringido a situaciones excepcionales. Esto implica que los departamentos de TI y RR.HH. deban integrar sus sistemas con la plataforma digital de la COMPIN para recibir, validar y archivar los documentos electrónicos.
Requisitos para emisores de licencias
Solo podrán emitir licencias médicas los profesionales inscritos en el Registro Nacional de Prestadores Individuales de Salud (RNPI). Además, quienes obtuvieron o convalidaron su título desde abril de 2009 deberán aprobar el examen EUNACOM antes del 24 de mayo de 2026.

Fiscalización y sanciones
La reforma refuerza las facultades de inspección de la COMPIN y la SUSESO, permitiendo solicitar antecedentes clínicos y laborales en cualquier momento. En caso de detectarse irregularidades, se podrán imponer multas que van desde 10 hasta 600 UTM, dependiendo de la gravedad de la falta, y suspender hasta por 180 días la autorización de emitir licencias.
Para casos de falsedad o fraude reiterado, la normativa contempla incluso la inhabilitación permanente del prestador y derivación al Ministerio Público.
Impacto para las empresas
La unificación del período de carencia significa que las compañías deberán asumir costos de subsidio desde el tercer día de licencia, afectando el flujo de caja destinado a remuneraciones. Será necesario revisar contratos laborales y convenios colectivos para asegurar que reflejen la nueva normativa y evitar contingencias legales.
Asimismo, la obligatoriedad de la LME obliga a actualizar o implementar software de recursos humanos y nómina capaz de procesar documentos en formato XML y automatizar los cálculos de subsidios. Los departamentos de RR.HH. deben capacitar a su personal en los nuevos procedimientos de recepción, validación y archivo de licencias médicas, así como en la gestión de posibles apelaciones o requerimientos de información adicional.

Recomendaciones para la preparación
- Implementar controles internos robustos: establezca protocolos para verificar la autenticidad de las licencias y coordinar revisiones con la COMPIN ante sospechas de irregularidad.
- Adecuar la plataforma tecnológica: integre su sistema de RR.HH. con la plataforma de Licencias Médicas Electrónicas y pruebe los procesos de carga y descarga de documentos XML.
- Actualizar políticas y manuales internos: refleje el nuevo período de carencia, los topes de subsidio y las sanciones aplicables para que todos los colaboradores conozcan las reglas de juego.
- Capacitación continua: desarrolle talleres y guías prácticas para el equipo de nómina y RR.HH. sobre cómo manejar solicitudes, rechazos y apelaciones de licencias médicas.

Cronograma y plazos de implementación
24 de mayo de 2025: fecha de entrada en vigencia de las disposiciones generales de la Ley N°21.746.
Hasta mayo de 2026: plazo para que los profesionales de salud obtengan la aprobación del EUNACOM si se titularon o revalidaron desde 2009.
En los meses posteriores, la COMPIN y la SUSESO emitirán circulares y reglamentos complementarios con detalles operativos y formatos de reporte.
Conclusión
La Reforma de Licencias Médicas 2025 representa un cambio profundo en la gestión del ausentismo laboral, con implicancias directas en costos, procesos y responsabilidades de las empresas. Anticiparse y adaptar sus políticas internas, sistemas de nómina y protocolos de fiscalización no solo mitigará riesgos legales y financieros, sino que mejorará la confiabilidad y eficiencia de sus áreas de RR.HH. y administración.
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